Un disque dur est compartimenté en blocs de quelques kilo-octets (par défaut, 4 ko pour le système de fichiers ntfs), ce bloc étant appelé un cluster.
Il s'agit en fait de la plus petite taille que peut occuper un fichier donné sur votre disque dur.
Lorsque vous utilisez Windows et que vous avez besoin d'écrire un fichier sur le disque dur, le logiciel se positionnera sur le premier cluster libre qu'il rencontrera, et commencera à le remplir.
S'il a besoin de plus d'un cluster, il écrira également dans le cluster voisin, puis dans le suivant, et ainsi de suite, jusqu'à ce que le fichier entier soit écrit, ou que le cluster qui suit soit déjà occupé par un autre fichier.
En ce cas, il continuera à parcourir le disque dur jusqu'à trouver un nouveau cluster libre et écrira dedans et ses voisins, ainsi de suite, jusqu'à ce que le fichier entier soit écrit, en autant de blocs séquentiels logiques possibles.
Si les données sont trop dispersées, la lecture d'un fichier peut en être plus ou moins ralentie, et le phénomène empire à mesure que le disque se remplit. On dit alors que le disque est « fragmenté », c'est-à-dire que les données ne sont pas rangées à la suite les unes des autres.
De par leur conception, les systèmes de fichiers ext3 ou reiserfs (par exemple) vont avoir une tendance naturelle à n'écrire que là où il y aura la place de le faire, et d'optimiser l'espace disque consommé.
Bien sûr, lorsque le disque commence à être plein, et que de gros volumes de données sont manipulés, il n'y aura pas de miracle : le système écrira ce qu'il pourra où il pourra, même s'il en résulte une fragmentation des fichiers.
On a donc parfois besoin de défragmenter son disque Linux. Pour réaliser cette opération : Shake (http://vleu.net/shake/) ou encore Defrag (http://ck.kolivas.org/apps/defrag/)